La ville de Léon d'Imabite (connu sous le nom de León de Nagrando) a été fondée en 1524 par le capitaine de conquête Francisco Hernández de Córdoba, sous les ordres de Pedro Arias Dávila (Pedrarias), gouverneur du Darién au Panama. Elle fut baptisée du nom de León en référence à la ville homonyme en Espagne et fut désignée capitale de la province de Nicaragua.

La région était habitée par le groupe précolombien des Chorotegas, plus précisément par la tribu des Nagrandanos, installés sur les rives du lac Xolotlán. Leur centre principal était le village d'Imabite, lieu où les conquistadors espagnols construisirent leurs premières habitations en suivant le modèle indigène de huttes en roseaux et en paille.

Les édifices de la ville ont été construits avec une main-d'œuvre indigène, suivant l'architecture espagnole de l'époque, laquelle s'est développée en deux étapes :

• Primitiva : Bungalows de chaume et de roseaux.
• Définitif : Murs en briques et toits en tuiles d'argile.

La ville a été habitée pendant 86 ans jusqu'à son abandon en 1610, motivé par :

• Le déclin économique dû au manque de main-d'œuvre indigène.
• La pénurie de commerce après l'extinction de l'or dans les mines de Segovia.
• Les fréquents séismes provoqués par le volcan Momotombo, qui ont culminé avec le tremblement de terre de cette année-là.

Après la catastrophe, les habitants se sont déplacés vers le nord, auprès du village indigène de Sutiava, où se trouve l'actuelle ville de León. Les ruines ont été découvertes en 1967 par des chercheurs de l'UNAN-León, dirigés par le Dr Alfonso Argüello Argüello. En 1994, le site a été déclaré Patrimoine Historique et Culturel de la Nation et, en l'an 2000, Patrimoine Mondial.