La ciudad de León de Imabite (conocida como León de Nagrando) fue fundada en 1524 por el capitán de conquista Francisco Hernández de Córdoba, bajo las órdenes de Pedro Arias Dávila (Pedrarias), gobernador del Darién en Panamá. Se le bautizó con el nombre de León en alusión a la ciudad homónima en España y fue designada capital de la Provincia de Nicaragua.

La zona estaba habitada por el grupo precolombino de los Chorotegas, específicamente por la tribu de los Nagrandanos, asentados en las costas del lago Xolotlán. Su núcleo principal era el pueblo de Imabite, lugar donde los conquistadores españoles construyeron sus primeras viviendas siguiendo el modelo nativo de ranchos de caña y paja.

Las edificaciones de la ciudad fueron construidas con mano de obra indígena siguiendo la arquitectura española de la época, la cual se desarrolló en dos etapas:

• Primitiva: Chozas de paja y caña.
• Definitiva: Paredes de ladrillo y techos de teja de barro.

La ciudad estuvo habitada durante 86 años hasta su abandono en 1610, motivado por:

• El decaimiento económico debido a la falta de mano de obra indígena.
• La escasez de comercio tras la extinción del oro en las minas de la Segovia.
• Los frecuentes sismos provocados por el volcán Momotombo, que culminaron con el terremoto de ese año.

Tras el desastre, los pobladores se trasladaron hacia el norte, junto al pueblo indígena de Sutiava, donde se asienta la actual ciudad de León. Las ruinas fueron descubiertas en 1967 por investigadores de la UNAN-León, encabezados por el Dr. Alfonso Argüello Argüello. En 1994, el sitio fue declarado Patrimonio Histórico y Cultural de la Nación y, en el año 2000, Patrimonio Mundial.