Город Леон де Имабите (известный как Леон-де-Награндо) был основан в 1524 году капитаном завоевателем Франсиско Эрнандесом де Кордобой по приказу Педро Ариаса Давилы (Педрариаса), губернатора Дариэна в Панаме. Город получил название Леон в честь одноименного города в Испании и был назначен столицей провинции Никарагуа.

Территория была населена доколумбовой группой чоротег, в частности племенем награнгуанов, поселившихся на берегах озера Ксолотлан. Их основным центром было поселение Имабите, где испанские конкистадоры построили свои первые жилища по нативной модели хижин из тростника и соломы.

Здания города были построены с использованием труда коренного населения в соответствии с испанской архитектурой того времени, которая развивалась в два этапа:

• Примитива: Коттеджи из соломы и тростника.
• Окончательное Кирпичные стены и черепичные крыши.

Город был населен в течение 86 лет до его запустения в 1610 году, вызванного:

• Экономический спад из-за нехватки коренной рабочей силы.
• Нехватка торговли после исчезновения золота в шахтах Сеговии.
• Частые землетрясения, вызванные вулканом Момотомбо, кульминацией которых стало землетрясение того года.

После стихийного бедствия местные жители переселились на север, к индейскому поселению Сутьява, где расположен нынешний город Леон. Руины были обнаружены в 1967 году исследователями UNAN-León под руководством доктора Альфонсо Аргуэльо Аргуэльо. В 1994 году это место было объявлено историческим и культурным достоянием нации, а в 2000 году – всемирным наследием.