A cidade de Leão de Imabite (conhecida como León de Nagrando) foi fundada em 1524 pelo capitão de conquista Francisco Hernández de Córdoba, sob as ordens de Pedro Arias Dávila (Pedrarias), governador do Darién no Panamá. Foi batizada com o nome de León em alusão à cidade homônima em Espanha e foi designada capital da Província da Nicarágua.

A zona era habitada pelo grupo pré-colombiano dos Chorotegas, especificamente pela tribo dos Nagrandanos, assentados nas margens do lago Xolotlán. O seu núcleo principal era a aldeia de Imabite, local onde os conquistadores espanhóis construíram as suas primeiras habitações seguindo o modelo nativo de ranchos de cana e palha.

Os edifícios da cidade foram construídos com mão de obra indígena, seguindo a arquitetura espanhola da época, que se desenvolveu em duas fases:

• Primitiva: Choças de palha e cana.
• Definitiva: Paredes de tijolo e telhados de telha de barro.

A cidade esteve habitada durante 86 anos até ao seu abandono em 1610, motivado por:

• O decréscimo económico devido à falta de mão de obra indígena.
• A escassez do comércio após a extinção do ouro nas minas de Segóvia.
• Os frequentes sismos provocados pelo vulcão Momotombo, que culminaram com o terramoto desse ano.

Após o desastre, os habitantes transferiram-se para o norte, junto da povoação indígena de Sutiava, onde se assenta a atual cidade de León. As ruínas foram descobertas em 1967 por investigadores da UNAN-León, chefiados pelo Dr. Alfonso Argüello Argüello. Em 1994, o local foi declarado Património Histórico e Cultural da Nação e, no ano 2000, Património Mundial.