Die Stadt aus Löwe von Imabite (bekannt als León de Nagrando) wurde 1524 vom Eroberungsführer Francisco Hernández de Córdoba im Auftrag von Pedro Arias Dávila (Pedrarias), Gouverneur von Darién in Panama, gegründet. Sie wurde in Anlehnung an die gleichnamige Stadt in Spanien León genannt und zur Hauptstadt der Provinz Nicaragua bestimmt.

Das Gebiet wurde von der präkolumbianischen Gruppe der Chorotega bewohnt, insbesondere vom Stamm der Nagrandanos, die an den Ufern des Xolotlán-Sees siedelten. Ihr Hauptkern war das Dorf Imabite, wo die spanischen Eroberer ihre ersten Behausungen nach dem einheimischen Modell von Rancho aus Schilf und Stroh bauten.

Die Gebäude der Stadt wurden mit indigener Arbeitskraft nach der spanischen Architektur der damaligen Zeit erbaut, die sich in zwei Phasen entwickelte:

• Ursprünglich Strohhütten und Schilfhütten.
• Endgültig: Ziegelwände und Tonziegeldächer.

Die Stadt war 86 Jahre lang bewohnt, bis zu ihrer Aufgabe im Jahr 1610, motiviert durch:

• Der wirtschaftliche Niedergang aufgrund des Mangels an einheimischen Arbeitskräften.
• Mangel an Handel nach dem Aussterben von Gold in den Segovia-Minen.
• Die häufigen Erdbeben, die durch den Vulkan Momotombo verursacht wurden, gipfelten im Erdbeben dieses Jahres.

Nach der Katastrophe siedelten die Bewohner nach Norden, neben das indigene Dorf Sutiava, wo sich die heutige Stadt León befindet. Die Ruinen wurden 1967 von Forschern der UNAN-León unter der Leitung von Dr. Alfonso Argüello Argüello entdeckt. 1994 wurde die Stätte zum Historischen und Kulturellen Erbe der Nation und im Jahr 2000 zum Weltkulturerbe erklärt.