La città di Leone di Imabite (conosciuta come León de Nagrando) fu fondata nel 1524 dal capitano di conquista Francisco Hernández de Córdoba, agli ordini di Pedro Arias Dávila (Pedrarias), governatore del Darién a Panama. Fu battezzata con il nome di León in allusione all'omonima città spagnola e fu designata capitale della Provincia di Nicaragua.

La zona era habitata dal gruppo precolombiano dei Chorotega, in particolare dalla tribù dei Nagrandani, stanziati sulle rive del lago Xolotlán. Il loro nucleo principale era il villaggio di Imabite, luogo in cui i conquistatori spagnoli costruirono le loro prime dimore seguendo il modello nativo di capanne di canna e paglia.

Gli edifici della città furono costruiti con manodopera indigena seguendo l'architettura spagnola dell'epoca, che si sviluppò in due fasi:

• Primitiva Tettoie di paglia e canna.
• Definitivo: Pareti di mattoni e tetti in tegole di argilla.

La città fu abitata per 86 anni fino al suo abbandono nel 1610, motivato da:

• Il declino economico dovuto alla mancanza di manodopera indigena.
• La scarsità di commercio dopo l'estinzione dell'oro nelle miniere di Segovia.
• I frequenti tremori provocati dal vulcano Momotombo, culminati nel terremoto di quell'anno.

Dopo il disastro, gli abitanti si trasferirono verso nord, vicino all'insediamento indigeno di Sutiava, dove si trova l'attuale città di León. Le rovine furono scoperte nel 1967 da ricercatori della UNAN-León, guidati dal Dr. Alfonso Argüello Argüello. Nel 1994, il sito fu dichiarato Patrimonio Storico e Culturale della Nazione e, nel 2000, Patrimonio Mondiale.